A Fundação das Universidades Portuguesas tem vindo a desenvolver uma série de acções de apoio aos estudantes e ao Ensino Superior Timorenses, tentando contribuir para uma resposta ajustada às necessidades identificadas pelo Governo Timorense em áreas consideradas prioritárias para o desenvolvimento do país.

Uma das vertente deste Programa de Cooperação tem sido a reconstrução da Universidade Nacional de Timor Lorosa'e, onde têm sido ministradas cinco licenciaturas promovidas pelas Universidades Públicas Portuguesas e contando também com a colaboração dos Institutos Politécnicos. As áreas abordadas incluem as Ciências Agrárias, a Formação de Professores de Português, as Engenharias Informática e Electrotécnica e a Economia/Gestão.